Центральный союз работодателей является продолжателем дел основанного 3. марта 1917. г. Объединения фабрикантов Эстонии (Eestimaa Vabrikantide Ühisus) по защите общих интересов работодателей на международном и уровне Эстонской Республики. Объединение фабрикантов Эстонии было ликвидировано советской властью в 1940. году.

Союзы промышленной отрасли сформировали 29. ноября 1991. г. Центральный союз промышленников Эстонии (ETKL), который в 1992 г.  начал выполнять и роль представителя работодателей в социальном парнтерстве. Должность действующего директора в Союзе получил Вильяр Вескивяли (Viljar Veskiväli), а председателем правления был Эльмар Круусма (Elmar Kruusma ). 4. мая 1995 г. ETKL преобразовали в Союз промышленников и работодателей Эстонии (ETTK).

20. ноября 1995. г. отраслевые союзы сферы обслуживания сформировали второй центральный союз работодателей - Центральный союз объединений работодателей (ETÜKL), действующим директором которого была Эве Пяэрендсон (Eve Päärendson) и председателем правления - Прийт Вильба (Priit Vilba). На трехсторонних переговорах работодателей представляли две организации - ETTK и ETÜKL.

В сентябре 1997. года ETTK и ETÜKL начали переговоры об объединении, которые закончились 29. ноября 1997. г. формированием единой центральной организации работодателей - Центрального союза работодателей (ETTK). Действующим директором стал Хенн Пярн (Henn Pärn) и председателем правления - Юри Кяо (Jüri Käo).

В 2001. году организация была переименована на Центральный союз работодателей Эстонии.

С 2004. года руководителем Центрального союза работодателей Эстонии является Тармо Крийс (Tarmo Kriis) и председателем Совета Энн Вескимяги (Enn Veskimägi).