Eesti Tööandjate Keskliit on 2. märtsil 1917 asutatud Tallinna Tööstusliku Piirkonna Vabrikantide Ühisuse – edasise nimetusega Eestimaa Vabrikantide Ühisus – tegevuse jätkaja tööandjate ühishuvide kaitsel Eesti Vabariigi ja rahvusvahelisel tasandil. Vabrikantide ühisuse likvideeris nõukogude võim 1940. aastal.

Tööstusharude liidud moodustasid 29. novembril 1991 Eesti Tööstuse Keskliidu (ETKL), kes hakkas 1992. aastal täitma sotsiaalpartnerluses ka tööandjate esindaja rolli. Liitu asus juhtima tegevdirektorina Viljar Veskiväli, juhatuse esimees oli Elmar Kruusma. 4. mail 1995 Reorganiseeriti ETKL Eesti Tööstuse ja Tööandjate Keskliiduks (ETTK).

20. novembril 1995 moodustasid teenindussfääri majandusharude liidud Eestis teise tööandjate keskliidu – Eesti Tööandjate Ühenduste Keskliidu (ETÜKL), mille tegevdirektoriks oli Eve Päärendson ja juhatuse esimeheks Priit Vilba. Kolmepoolsetel läbirääkimistel esindasid tööandjaid kaks organisatsiooni – ETTK ja ETÜKL.

1997. aasta septembris alustasid ETTK ja ETÜKL liitumisläbirääkimisi, mis lõppesid 29. novembril 1997 ühtse tööandjate keskorganisatsiooni – Eesti Tööandjate ja Tööstuse Keskliidu (ETTK) moodustamisega. Tegevdirektoriks sai Henn Pärn ja juhatuse esimeheks Jüri Käo.

2001. aastal muudeti organisatsiooni nimi Eesti Tööandjate Keskliiduks.

Tööandjate keskliit on alates 1998. aastast Rahvusvahelise Tööandjate Organisatsiooni IOE (International Organisation of Employers) liige, 2003. aastast Euroopa tööandjate katusorganisatsiooni BUSINESSEUROPE (kuni 2007 nimega Union of Industrial and Employers' Confederations of Europe, UNICE) liige ja 2010. aastast OECD Ettevõtlus- ja Tööstuskomitee BIAC (The Business and Industry Advisory Committee to the OECD) liige.

2010. aastal sõlmis tööandjate keskliit koostöölepped Läti Tööandjate Keskliidu (LDDK), Leedu Tööstuse Keskliidu (LPK) ning Vene ettevõtjate ühendusega „Venemaa töösturite ja ettevõtjate liit” (RSPP).

2011. aastal sõlmis keskliit koostööleppe Ukraina Tööandjate Keskliiduga (FRU).

Keskliidu tegevjuhid on olnud 1997–2001 Henn Pärn (s 1941), 2001–2003 Tiit Laja (s 1960), 2003–2004 Meelis Virkebau (s 1957), 2004. aastast on juhtaja Tarmo Kriis (s 1975).

Alates 2004. aastast on Eesti Tööandjate Keskliidu volikogu esimees Enn Veskimägi.